內農大張和平團隊建成全球最大乳酸菌基因組數據庫
破解6.2萬余個乳酸菌基因組,首創(chuàng)性地整合菌種資源、基因組信息、臨床試驗數據等關鍵指標對乳酸菌進行高效挖掘,基于大數據和人工智能算力為乳酸菌產學研開發(fā)利用搭建里程碑式的“數據橋梁”,張和平團隊做到了。
近日,內蒙古農業(yè)大學教授張和平團隊歷時5年建設的乳酸菌基因組數據庫iLABdb正式建成上線(https://www.imhpc.com/iLABdb),成為目前全球最大的乳酸菌基因組、功能研究數據共享數據庫和平臺。利用基因組技術為乳酸菌資源注入創(chuàng)新活力,這一重大成果的發(fā)布,展現了我國在微生物學研究領域的領先地位和國際影響力,也將為全球乳酸菌研究與產業(yè)發(fā)展貢獻積極力量。
iLABdb是借助前沿的生物信息學技術和先進的數據分析算法建立的一個基于Web的綜合乳酸菌基因組數據共享平臺,數據庫涵蓋6.2萬余個乳酸菌基因組及相關元數據,包括1.1萬余個新測序的乳酸菌基因組,由“青城之光”高性能計算公共服務平臺提供算力資源支撐。
乳酸菌系統發(fā)育關系復雜,菌株間功能和代謝差異極大,難以通過傳統實驗方法系統性地研究和挖掘,這大大限制了乳酸菌的開發(fā)與利用效率。張和平介紹,依托平臺,用戶可根據實際需求準確高效地篩選出具有不同功效的菌株,對食品加工、農業(yè)種植、動物養(yǎng)殖以及生物制藥等領域科學研究和產業(yè)應用意義重大,將最大程度地釋放“數據生產力”。
據了解,乳酸菌作為微生物領域重要的戰(zhàn)略資源,具有廣泛的應用價值。張和平帶領團隊歷時34年,從全球6大洲32個國家采集自然發(fā)酵乳制品等樣品6202份,分離保藏乳酸菌47573株,建成全球最大、種類最全的乳酸菌種質資源庫,該資源庫入選2022年首批國家農業(yè)微生物種質資源庫。依托乳酸菌種質資源庫,團隊于2018年啟動了“乳酸菌萬株基因組計劃”,利用自建菌種資源庫中1.1萬株完成測序的乳酸菌全基因組序列,并結合現有公共數據庫中5.19萬個乳酸菌基因組數據,建立了iLABdb數據庫,相關科研成果發(fā)表于《Science Bulletin》(《科學通報(英文版)》)。(記者 白蓮)
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